Der er flere forskellige pletter, der kan bruges til at visualisere og fotografere DNA, efter at materialet er blevet adskilt ved gelelektroforese. Blandt de mange valg er disse fem stammer den mest almindelige begyndelse med ethidiumbromid, som er den mest udbredte. Når man arbejder med denne proces, er det vigtigt at ikke kun kende forskellene mellem stammerne men de iboende sundhedsrisici.
01 Ethidiumbromid
Ethidiumbromid er sandsynligvis det mest kendte farvestof, der anvendes til visualisering af DNA. Dette farvestof kan anvendes i gelblandingen, i elektroforesepufferen eller til at plette gelen, efter at den er kørt. Farvestoffets molekyler klæber til DNA-tråde og fluorescerer under UV-lys, hvilket viser dig præcis, hvor båndene er inden for gelen. Trods sin fordel er ulempen, at ethidiumbromid er et potentielt kræftfremkaldende middel, så det skal håndteres med stor omhu. På grund af de potentielle sundhedsrisici ved at arbejde med denne gel er der fundet alternativer. 02 SYBR Gold
SYBR Guldfarvestof kan anvendes til at plette dobbelt eller enkeltstrenget DNA eller at plette RNA. SYBR Gold var en af de første alternativer til ethidiumbromid for at komme på markedet, og det anses for mere følsomt end ethidiumbromid. Farvestoffet udviser 1000 gange større UV-fluorescens, når den er bundet til nukleinsyrer. Det trænger så igennem tykke og høje procentdel agarosegeler og kan anvendes i formaldehydgeler. Fordi fluorescens af det ubundne molekyle er så lavt, er destaining ikke påkrævet. Licensindehaver Molekylprober har også (siden lanceringen af SYBR Gold) udviklet og markedsført SYBR Safe og SYBR Green, som er sikrere alternativer til ethidiumbromid.
03 SYBR Green
SYBR Green I og II pletterne (igen markedsført af Molecular Probes) er optimeret til forskellige formål. Fordi de binder til DNA, betragtes de stadig som potentielle mutagener, og derfor bør de håndteres med omhu. SYBR Green I er mere følsom til brug med dobbeltstrenget DNA, mens SYBR Green II på den anden side er bedst til brug med enkeltstrenget DNA eller RNA. Ligesom den populære Ethidium Bromide-plet fluoresceres disse meget følsomme pletter under UV-lys. 04 SYBR Safe
SYBR Safe var designet til at være et sikrere alternativ til ethidiumbromid og andre SYBR-pletter. Det betragtes ikke som farligt affald og kan generelt bortskaffes gennem de almindelige kloaksystemer (dvs. ned i afløbet), fordi toksicitetstest indikerer, at der ikke er akut toksicitet. Test viser også, at der er ringe eller ingen genotoksicitet på syriske hamsterembryo (SHE) celler, humane lymfocytter, muselymfomceller og i AMES testen. Pletten kan anvendes med en blå-lys-transilluminator, der forårsager mindre skade på DNA'et, der visualiseres og giver bedre effektivitet til senere kloning. 05 Eva Green
Eva Green er et grønt fluorescerende farvestof, der har vist sig at inhibere PCR i mindre grad end andre farvestoffer. Dette gør det meget nyttigt til applikationer som kvantitativ real-time PCR. Det er også et godt valg, hvis du bruger geler med lavt smeltepunkt til genopretning af DNA. Den er meget stabil ved høje temperaturer og har meget lav fluorescens alene, men er stærkt fluorescerende, når den er bundet til DNA. Eva Green har også vist sig at have meget lav eller ingen cytotoksicitet eller mutagenicitet.